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Auch die Pflanzenwelt ist durch das Atlasgebirge zweigeteilt: Nordwestlich des Gebirges überwiegt der mediterrane Bewuchs, südöstlich davon die Wüstensteppe. Geschlossene Waldbestände mit Stein- und Korkeichen, Thujen, Atlas-Zedern und Aleppokiefern finden sich noch in den regenreichen Gebirgszonen und den westlichen Ebenen; sie bedecken nur etwa ein Zehntel der Landesfläche.

Im südlichen Küstenbereich wachsen Argan-Bäume und Jujuben. Im übrigen Marokko hat der jahrhundertelange Raubbau die Mittelmeervegetation – soweit sie nicht Kulturflächen weichen musste – auf Baumheiden, Erdbeerbäume, Pistazien, Wacholderarten und Zwergpalmen reduziert. Oberhalb der Waldgrenze (bei 3100 m) gibt es eine Stufe von Polsterpflanzen. Jenseits des Atlasgebirges ist Trockensteppenvegetation mit Büschelgräsern und Dornsträuchern vorherrschend; in der nordöstlichen Hochsteppe wächst das widerstandsfähige Halfagras. In den wenigen Oasen werden Dattelpalmen kultiviert.

Die wildlebenden Tiere haben sich in die dünnbesiedelten Gebiete Marokkos zurückgezogen; einige Arten, wie etwa der Leopard und der Wüstenluchs, sind vom Aussterben bedroht. Weitere Säugetiere des Landes sind Berberaffen (Magots), Gazellen, Hyänen, Schakale und Wüstenfüchse (Fenneks); auch Reptilien (Eidechsen, Chamäleons, Schildkröten, Schlangen) kommen zahlreich vor. Im Jahr 2003 wurden 452 verschiedene Vogelarten in Marokko nachgewiesen. 209 Arten, 49 % der nachgewiesenen Vogelarten, brüten regelmäßig im Land, während 15 Arten nur unregelmäßig im Land brüten. Unter den nachgewiesenen Vogelarten befinden sich Störche, Adler, Geier, Bussarde und Milane.^[13] Es gibt mehrere Nationalparks in Marokko. Das Gebiet um den Jabal Toubkal im Hohen Atlas wurde bereits 1942 zum Nationalpark erklärt. Der Ifrane-Nationalpark schützt ausgedehnte Zedernwälder, in denen Berberaffen leben.