Auch die Pflanzenwelt ist durch das Atlasgebirge zweigeteilt: Nordwestlich des Gebirges überwiegt der mediterrane Bewuchs, südöstlich davon die Wüstensteppe. Geschlossene Waldbestände mit Stein- und Korkeichen, Thujen, Atlas-Zedern und Aleppokiefern finden sich noch in den regenreichen Gebirgszonen und den westlichen Ebenen; sie bedecken nur etwa ein Zehntel der Landesfläche. Im südlichen Küstenbereich wachsen Argan-Bäume und Jujuben. Im übrigen Marokko hat der jahrhundertelange Raubbau die Mittelmeervegetation – soweit sie nicht Kulturflächen weichen musste – auf Baumheiden, Erdbeerbäume, Pistazien, Wacholderarten und Zwergpalmen reduziert. Oberhalb der Waldgrenze (bei 3100 m) gibt es eine Stufe von Polsterpflanzen. Jenseits des Atlasgebirges ist Trockensteppenvegetation mit Büschelgräsern und Dornsträuchern vorherrschend; in der nordöstlichen Hochsteppe wächst das widerstandsfähige Halfagras. In den wenigen Oasen werden Dattelpalmen kultiviert.
Die wildlebenden Tiere haben sich in die dünnbesiedelten Gebiete Marokkos zurückgezogen; einige Arten, wie etwa der Leopard und der Wüstenluchs, sind vom Aussterben bedroht. Weitere Säugetiere des Landes sind Berberaffen (Magots), Gazellen, Hyänen, Schakale und Wüstenfüchse (Fenneks). In Marokko kommen 14 Amphibien- und 116 Reptilien-Arten vor.[14] Im Jahr 2003 wurden 452 verschiedene Vogelarten in Marokko nachgewiesen. 209 Arten, 49 % der nachgewiesenen Vogelarten, brüten regelmäßig im Land, während 15 Arten nur unregelmäßig im Land brüten. Unter den nachgewiesenen Vogelarten befinden sich Störche, Adler, Geier, Bussarde und Milane.[15] Es gibt mehrere Nationalparks in Marokko. Das Gebiet um den Jabal Toubkal im Hohen Atlas wurde bereits 1942 zum Nationalpark erklärt. Der Ifrane-Nationalpark schützt ausgedehnte Zedernwälder, in denen Berberaffen leben.
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