Auf dem Boden des Atlantiks gibt es außer Tiefseebecken, Tiefseerinnen und Meerestiefs und einigen niedrigeren Schwellen als auffälligste Struktur den Mittelatlantischen Rücken. Das ist eine zerklüftete Erhebung auf einer divergierenden Plattengrenze, die den Atlantik etwa in der Mitte von Nord nach Süd durchzieht. Hier steigt beständig Lava auf, welche die zwei angrenzenden ozeanischen Platten auseinanderschiebt, dadurch den Atlantik verbreitert und die dahinter liegenden Kontinente immer weiter auseinandertreibt; der Ablauf ist durch Datierung der Gesteine auf dem Ozeanboden nachgewiesen, die je weiter entfernt vom Rücken desto älter sind.
Zu den Tiefseerinnen und Meerestiefs gehört der Puerto-Rico-Graben mit dem 9219 m unter dem Meeresspiegel liegenden Milwaukeetief, der tiefsten Stelle des ganzen Atlantiks.

In den Atlantischen Ozean fließen zahlreiche Flüsse:
- von der Ostküste der Vereinigten Staaten bzw. Kanadas aus (siehe Nordamerikanische kontinentale Wasserscheide)
- von Mittelamerika aus (Mexiko, Guatemala, Honduras, Nicaragua, Costa Rica, Panama)
- von Südamerika aus (Kolumbien, Venezuela, Guayana, Suriname, Französisch-Guyana, Brasilien, Uruguay, Argentinien)
- von der Westküste Afrikas (Westafrika, Zentralafrika, Namibia, Westküste Südafrikas)
- von Europa aus (soweit sie nicht ins Mittelmeer, die Ostsee oder das Nordmeer fließen; siehe Europäische Hauptwasserscheide)
Sie transportieren mit ihrem Wasser auch zahlreiche Schadstoffe und Nährstoffe in den Atlantik.
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